Documentos
Quatro materiais preparados
Para o orientador
Proposta do Pipeline DICE+Gaussian
Pitch completo com problema, solução proposta, pipeline visual, lacuna na literatura, caminhos de publicação e perguntas para a reunião.
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Moléculas candidatas
Oportunidades de Pesquisa
Mapeamento das 4 moléculas com lacuna real na literatura — L-DOPA, melatonina, serotonina e GABA — com justificativas, referências e links para os artigos.
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Referência interna
Contexto do Projeto
Documento de referência completo com roadmap de desenvolvimento, componentes técnicos, perguntas para o orientador e tags do projeto.
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Documentação técnica
Pipeline Completo — Especificação
Estrutura detalhada de cada etapa do pipeline: inputs, outputs, bibliotecas, decisões de implementação e critérios de validação por MVP.
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Contexto
A proposta em síntese
O problema
O workflow de simulação MC+DFT para espectroscopia de solvatação envolve ~80% de trabalho mecânico repetitivo — geração de inputs, transferência de arquivos, extração de dados, montagem de tabelas. Isso consome tempo que deveria ir para a análise científica.
A solução proposta
Pipeline Python open-source que integra DICE → seleção de shell via RDF → Gaussian → tabelas e espectros. O pesquisador recebe os resultados organizados e faz só a curadoria científica: atribuição de modos, identificação de shifts, escrita.
Base publicada
Pinheiro & Costa, J. Mol. Structure 1302, 137514, 2024 —
doi.org/10.1016/j.molstruc.2024.137514.
Espectros Raman de epinefrina e norepinefrina em água por HF/DFT + Monte Carlo explícito.
Espectros Raman de epinefrina e norepinefrina em água por HF/DFT + Monte Carlo explícito.
Por que é publicável
Nenhuma ferramenta existente (THeSeuSS, cclib, dlmontepython) cobre o workflow DICE + Gaussian com solvatação explícita sequencial. A lacuna está documentada. Estratégia: dois produtos por pesquisa — artigo científico + artigo de software.
Próximos passos científicos
Moléculas candidatas identificadas
Varredura da literatura identificou 4 moléculas de interesse clínico sem cobertura pelo método MC/DFT com shell estatística de solvatação. As duas de prioridade 1 têm lacuna confirmada por busca exploratória — a confirmar com busca booleana sistemática no Web of Science antes do pré-projeto formal.
L-DOPA (Levodopa)
Parkinson · fármaco 1ª linha · catecol + aminoácido · extensão direta de EP/NP
Melatonina
Sono · neuroproteção · grupo indol rico em HB · forte candidata para UV-Vis também
Serotonina (5-HT)
Humor · Parkinson · indol + amina · par natural com melatonina num único estudo
GABA
Principal inibidor do SNC · zwitteríon — caso emblemático de falha do PCM